Ngày 6/9, Thanh tra Chính phủ công bố kết quả kiểm tra một số nội dung liên quan khiếu nại của người dân, cho biết, quá trình thực hiện đầu tư xây dựng, UBND TP HCM và các sở ngành để xảy ra những thiếu sót, vi phạm, ảnh hưởng đến quyền lợi của một số hộ dân trong địa bàn, phát sinh khiếu nại đông người, gay gắt và kéo dài, với các điểm chính như sau[11]:

• Chênh lệch khoảng 10 ha so với diện tích được Bộ Xây dựng thẩm định; thiếu một số hồ sơ quan trọng kèm theo của cả Khu đô thị mới Thủ Thiêm và khu tái định cư 160 ha (không có bản đồ quy hoạch 1/5.000, chưa có ý kiến thẩm định của Bộ Xây dựng đối với 160 ha đất tái định cư).
• Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh phê duyệt quy hoạch 1/2.000 tại quyết định số 13585 năm 1998, trong đó có điều chỉnh diện tích và ranh giới là không đúng thẩm quyền.
• Quá trình bồi thường, giải phóng mặt bằng và hỗ trợ tái định cư ở dự án này có nhiều vi phạm, như: thực hiện không đúng quy định của Luật đất đai 2003; không lập phương án đền bù, giải phóng mặt bằng; không có kế hoạch xây dựng nhà tái định cư trước khi giải phóng mặt bằng... dẫn đến phát sinh khiếu nại về chế độ, chính sách đền bù, hỗ trợ.
• Trong số 87 ha đất để xây dựng nhà tái định cư, UBND thành phố chỉ định nhà đầu tư không thông qua đấu giá theo quy định là trên 76 ha.

Quan điểm UBND TP.HCM

Trong thông cáo sáng 21/9, UBND TP.HCM thừa nhận rằng việc xác định ranh giới chưa đúng nên thu hồi đất đối với phần diện tích 4,3 ha để thực hiện một số dự án trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm chưa đủ cơ sở pháp lý, không đúng với quy hoạch được Thủ tướng phê duyệt. TP hứa là " sẽ đảm bảo không để người dân bị thiệt thòi do những bất cập về chính sách và sai phạm trong công tác quản lý quy hoạch về đất đai".[12]